上述两种药物的主要区别在于药物成分和治疗范围。
三九感冒颗粒属于一种中西药合剂，里面中的西药成分可以有效的缓解普通感冒引发的鼻塞、流涕、打喷嚏、头痛等临床症状，而中药制剂一般具有清热解毒的效果，多用于风热感冒的治疗，所以上述药物可以同时治疗风寒和风热感冒。
小柴胡是临床上常用的一种清热解毒的中成药，多用于风热感冒的治疗，对于风寒感冒无效。但是就副作用方面而言，可能三九感冒颗粒的副作用会较为明显，可能会导致患者出现发困症状以及胃肠道刺激性反应。