桥本氏甲状腺炎在治疗时主要根据病因和相应的症状用药。
1.针对桥本甲状腺炎本身，一般应用某些中药或针对抗体升高的药物，这些药物本身并不能完全把桥本甲状腺炎治好。但是在一定程度上可以降低抗体滴度，对甲状腺肿大也有一定的帮助。
2.对症应用治疗桥本氏甲状腺炎某些阶段的激素水平波动。如在甲状腺毒症期，可以应用激素或者抗甲状腺药物短期治疗。
3.在甲状腺功能减退时，要针对甲减应用治疗甲减的甲状腺激素制剂。
4.对于甲状腺功能亢进出现的心率增快等症状，还可以临时应用控制心率的β-受体阻滞剂药物治疗。