核酸肛拭子采样取的是肛门处的分泌物。核酸检测主要采样血液、咽喉分泌物和肛门分泌物三种标本进行化验，核酸肛拭子取样的是肛门的分泌物，并不完全是粪便。
具体做法是将采样拭子插入到肛门内2~3cm，在褶皱处擦拭取样，然后制成标本送检。核酸肛拭子相对于口鼻拭子要准确一些，能避免轻症感染者或无症状感染者漏诊的情况发生。考虑到便捷性相对差，目前主要在隔离点的重点人群身上或高风险地区使用。
核酸肛拭子和口鼻拭子相比只是检测的标本及采集部位不同，其他流程都是一样的，可在2~5个小时后得出结果。做核酸肛拭子取样时不用太紧张，虽然有些人可能会感觉到尴尬，但数分钟就能完成操作。