肺水肿是流行性出血热的并发症之一。引起肺水肿的原因有两个：
第一个是急性呼吸窘迫综合征。由于肺毛细血管损伤通透性增加，是肺间质大量渗液。此外肺内微小血管的血栓形成和肺泡表面活性物质生成减少，可以促成急性呼吸窘迫综合征的发生，可以表现为呼吸急促，出现发绀，肺部可以闻及呼吸音和干湿性啰音。当患者出现急性呼吸窘迫综合征的时候，可以导致急性呼吸衰竭，而死亡病死率可以高达67%。
第二个因素是心源性肺水肿。可以由于肺毛细血管损伤、肺内大量渗液所致，也可以由高血容量或者心肌受损所引起的。
除此之外，流行性出血热还可以出现腔道出血，中枢神经系统并发症，以及继发性感染等一些严重的并发症。