肠功能紊乱菌群失调可以服用微生态生物制剂，比如乳酸杆菌、双歧杆菌等。如果同时存在其他症状，可以对症服药。
肠功能紊乱菌群失调的患者，通常会伴有便秘或者腹泻的症状。如果以便秘为主要症状，可以吃聚乙二醇、乳果糖等药物治疗。如果以腹泻为主要症状，可以吃止泻类药物，如洛哌丁胺、蒙脱石散等。
此外，精神类因素也可以导致肠功能紊乱菌群失调，可以考虑服用三环类抗抑郁药物，如氯米帕明、阿米替林等。但是以上药物必须在医生指导下服用，不可以自行用药。