食管贲门黏膜撕裂综合征的主要症状是呕吐或恶心，几乎所有的食管贲门黏膜撕裂综合征的病人，发病时都会有呕吐或恶心，有的患者呕吐并不剧烈，但是同样也会发生食管贲门黏膜撕裂综合症。所以呕吐的剧烈程度和该综合征的发生并不是因果关系或平行关系。但是大约9%的患者则是恶心呕吐以外的原因所导致的。第二种常见的临床表现是呕血或黑便。呕血或黑便是食管贲门黏膜撕裂综合征患者的第二个重要临床症状。患者从呕吐到发生呕血间隔的时间长短不一。有的患者在呕吐以后，随即便有呕血。而有的患者却是在发生剧烈呕吐症状的几天后，才会出现呕血或者黑便。第三个症状是上腹部疼痛。食管贲门黏膜综合症的病人有时伴有上腹部疼痛，但大多数病例则没有腹痛症状。上腹部疼痛可以在呕血后很快出现，也可以在呕血之前出现。有的患者在恶心呕吐前，自觉上腹部有撕裂样疼痛，呈持续性，有的患者自觉腹痛的位置比较深。第四个主要的症状是休克，患者大量呕血可以导致失血性休克危及病人的生命。