新生儿甲减不单要治疗，而且要尽早的治疗。
新生儿甲减诊断为呆小症，呆小症如果越早发现，提示疾病越重，也就越需要积极的治疗。如果治疗不当，有可能会遗留永久性的智力低下，还有可能会出现躯体的畸形。早期时可以给予lt4和lt3治疗，逐渐的可以停用lt3，单用lt4治疗。
治疗的目标就是最好在出生3周以内，使甲状腺功能完全恢复正常。因为如果尽早恢复正常，这些患儿可以在10~30个月内，神经发育达到正常的状态。主要观察的是游离t4的水平，要注意根据甲功的结果及时的调整药物的剂量。