扁平疣有可能会自愈。因为扁平疣虽然属于一种疣状增生的皮肤损害，但是这种疾病也属于病毒感染，诱发形成的疣状增生。
所以，如果免疫机能得到一定的恢复或者是正常，这种扁平疣的感染状态就会被遏制，或者得到有效病毒清除。这样扁平疣所形成的疣状皮损，也会有效地消退，从而这种疾病也会自愈。但是这种自愈的时间一般相对较长，有的甚至达到3年左右。
如果形成扁平疣，并且形成蔓延，通常需要进行抗病毒治疗。