肛窦炎可以引起肛门烧灼疼痛不适、异物感，还可引起肛门坠胀不适以及排便不尽感。
肛窦位于齿状线的上端，是肛腺的开口处。肛窦内容易残存粪便，诱发肛窦感染，特别是腹泻时，更容易引起感染。当进食辛辣、刺激性的食物后，会引起肛腺的分泌量增加，容易刺激引起肛腺水肿、阻塞，形成局部感染。
肛窦炎时会引起肛管水肿，患者会表现出肛门烧灼感，或者肛门异物感，呈持续性。部分敏感的患者还可能出现肛门坠胀不适，以及排便不尽感等直肠刺激症状。