目前对于引发裂沟舌的病因尚不明确，通常认为与遗传因素、舌部苔藓样变、年龄、全身疾病、地理环境以及人种等因素有关。
裂沟舌多发的年龄阶段是10~60岁，在这个年龄阶段之间，裂沟舌会随着年龄的增加，发病率也会出现增高的情况。裂沟舌常发生在某一家族中，家族里面有人患有裂沟舌，这个家族的其他人患有裂沟舌的概率比较大。
裂沟舌的发病还与某些全身疾病有关，常见的主要有银屑病、梅毒、天疱疮、干燥综合征、唐氏综合征、B族维生素缺乏等。