在临床上针对脑型疟疾的患者，治疗的首选药物一般就是氯喹、青蒿素等，与治疗普通疟疾一样的抗疟疾药物。还可以使用阿莫地喹、奎宁等药物治疗。
如果患者发热症状明显，要让患者充分的卧床休息并且使用布洛芬进行退热处理；头痛的症状比较明显，可应用甘露醇来降低患者的颅内压，减轻患者的脑水肿症状；同时患者如果发生休克，要立即采取抗休克相关治疗。
脑型疟疾是属于非常严重的由于疟原虫感染所致的中枢神经系统疾病，一旦明确诊断之后需要立即进行抗疟疾的治疗。