对于非淋菌性尿道炎主要是同淋球菌感染相鉴别，因为淋球菌感染主要是淋病奈瑟菌导致，一般通过实验室检查相鉴别诊断，而对于非淋菌性尿道炎自身也需要进行鉴别，因为只要是非淋球菌导致的尿道炎都属于非淋菌性尿道炎，如衣原体、支原体和真菌感染以及阴道毛滴虫、普通细菌感染都属于非淋菌性尿道炎，患者可以进行尿常规、尿培养的检查。
而对于衣原体可以进行pcr，也就是聚合酶链式反应，判断是否衣原体阳性。那么，对于此类患者通过实验室检查寻找敏感有效的抗生素，诊断明确之后，再进行对症治疗。