引起肝区隐痛的病因有很多，包括肝脏本身的病变和周围器官的疾患等，包括各种原因引起的肝炎、肝硬化、脂肪肝、酒精肝、自身免疫性肝病、药物性肝损伤，这些疾病均可引起肝包膜张力增高、肝肿大，以致肝脏产生疼痛。
还有一些肝脏周围的疾患，比如肝内外胆管结石、胆道感染、胆道梗阻、肝脏良恶性肿瘤引起局部感染等，可使肝脏受压迫，产生肝痛。
肝区疼痛也可能和周围脏器的病变有关，引起放射性的肝痛，这些疾病包括肝外胆道恶性肿瘤、感染以及胃肠疾病引起的放射性肝痛。