感染尼帕病毒后，暂时还没有可以治疗病毒的疫苗或者药物。至今为止，临床上还没有抗尼帕病毒的疫苗。如果想要在家畜中控制尼帕病毒，可以使用次氯酸钠或者其他的洗涤剂常规清洗养猪场，能预防尼帕病毒的感染。
如果怀疑有疫情，应该立刻把动物隔离，还要扑杀感染的动物，然后焚烧尸体，减少向人类传播的风险。
日常还要注意减少蝙蝠向人类传播尼帕病毒的风险，预防传播就要减少蝙蝠和椰枣汁接触。还应该把采集的新鲜椰枣汁煮沸，食用前彻底清洗和去皮。