腘窝囊肿和淋巴结的发生机制以及具体表现有很大的不同。
第一，腘窝囊肿的发生可能与关节内的积液有关，是一种渗出性的病变。而淋巴结肿大多是由于炎症的刺激，导致淋巴结的增生而引起的，是一种增生型的病变。
第二，腘窝囊肿表现为局部的囊性肿块，按压可以出现囊性感。而淋巴结多为实性变，如果存在着明显的炎症，局部会有红肿和皮肤的温度升高。
第三，腘窝囊肿的治疗主要是采取手术或者局部的穿刺，彻底地切除囊壁，消除积液，减轻压迫症状。而淋巴结主要是以保守治疗为主，很少需要采取手术治疗，多是以抗炎药物治疗为主，炎症控制以后淋巴结会缩小。