引起男性右侧腰痛的原因很多，因此要根据疼痛的性质、疼痛的时间、疼痛的具体部位来判断其原因。右侧腰部主要的器官有肾脏、输尿管、肠道、腰肌、脊柱侧突等器官。每个部位出现问题都可以导致右侧腰部疼痛的情况，比如右侧肾脏和输尿管结石可以出现肾绞痛的情况，疼痛比较剧烈，为绞扎样的疼痛。而胃肠炎引起的疼痛为阵发性的绞痛，阵发性加剧。
腰部肌肉以及腰椎引起的疼痛一般表现为持续性的钝痛，疼痛在活动或者是体位改变时加重，可以通过彩超、X线拍片等检查方法确定原因。