肛门狭窄通过临床症状和肛门局部检查可以确诊。肛门狭窄会出现排便困难或排便不畅，便条变细或变扁，便时和便后肛门疼痛，伴有肛门坠胀、里急后重、肛门灼热和异物感。
长期排便困难可导致腹痛、腹胀、恶心、食欲欠佳等症状。严重的瘢痕性肛门狭窄会使肛门括约肌收缩功能减退，有分泌物溢出肛门外，刺激肛周皮肤，出现潮湿和瘙痒。
肛门局部检查可见肛门狭小，肛门指诊时示指通过困难，有的可触摸到坚硬环状狭窄的纤维环和管状狭窄环。