那么具体的肺出血肾炎综合征这种疾病的病因，其实到目前永远是不明确的，多数专家认为，这个病是跟自身的免疫有一定的关系。但是具体的真正的病理生理可以跟大家再谈一谈。这种疾病，它是由于呼吸道病毒的感染或者是吸入了某些化学物质，比如像轻微的或者是一氧化碳类的气体等因素。会引起患者肺泡的这种基底膜抗原变性产生这种抗基底膜的抗体。
又因为，肾脏的肾小球的这种基底膜，跟肺泡毛细血管基底膜有着相同的抗原的特性，所以说肺脏出现损伤之后，肾小球基底膜也同样会容易受到攻击，因此抗肺泡基底膜抗体，不但可以在肺泡毛细血管基底膜上起作用，同时可以作用在肾小球的基底膜上，从而引发肺出血还有一些肾炎的表现。很多病例，肉眼可以看到肺脏的外形是增大的，表面有广泛的出血。切面可能会呈现水肿，并伴有新旧出血灶，镜检的时候可以看到肺泡内是有出血的，间质腔的可能见到这种含铁的血黄素，还有表现的这种巨噬细胞。肺泡的结构一般是完整的，没有这种小动脉或者是血管炎的病变，但是存在局灶性的肺泡纤维化，那么电镜也可以看到，肺泡基底膜是有病变的。荧光染色，可以出现肺泡基底膜抗体的沉着，所以毛细血管内膜基本上属于正常的。
这个病的特点就是以肺脏弥漫性的出血、肺泡内纤维素沉积还有肾小球肾炎为特征。