病程较长的肛裂会引起肛乳头肥大或者肛乳头瘤，可以在行肛裂手术的同时，一并切除即可。
当大便干结或者排便用力过猛时，会引起肛管皮肤撕裂，从而引起大便带血、肛门狭窄以及排便时肛门剧烈疼痛等临床症状。初发的肛裂创面愈合能力强，多数可自愈。当肛裂长时间未愈合时，会引起创面水肿感染，还会导致裂口周围组织静脉及淋巴回流受阻，在肛裂上缘引起肛乳头肥大，在肛裂的下缘会形成哨兵痔，组成肛裂三联征。
行手术治疗时，在清除肛裂创面不新鲜组织的同时，可以将肛乳头瘤以及哨兵痔一并切除。