怀孕40天不想要，可以考虑进行药物流产，药物流产通常适用于怀孕49天之内，但是孕妇年龄应当小于40岁，并且没有一些药物流产禁忌证，才可以进行药物流产。应当在医生指导下口服米索前列醇，能够使子宫收缩性增强，并且不需要宫内操作，能够减少对子宫造成的损伤。
但是在进行药物流产时也要多注意观察，如果发现阴道出血不止，还伴有腹痛，可能是宫内有残留，存在流产不干净情况，必要时可能需要清宫手术。
在怀孕期间如果没有特别情况，尽量不要进行药物流产或人工流产，避免对身体造成不良影响。