灌肠主要是将相关药物通过直肠黏膜的吸收入体，从而达到治疗的作用，如操作不当还是会给孩子造成一定的危害。
1.造成局部刺激。灌肠的时候需要插一个肛管到肛门部位，会对肛门部位产生一定的刺激性，部分患者可能会感到疼痛和不适。
2.肠穿孔。在灌肠的过程中如操作不当、动作比较暴力或者灌肠药水过多等，容易导致肠道穿孔的现象，因为大量的液体进入肠道，可导致肠道扩张和穿孔。
3.菌群失调。灌肠还可导致肠道内的菌群失调，在灌肠某些药物的时候如抗生素，不仅会杀死有害菌，也会杀死有益菌，引起菌群失调，容易继发感染的症状。