上颌骨囊肿手术危险性，大部分情况下较小，主要取决于手术操作者的技术以及熟练程度。
绝大部分上颌骨囊肿位置比较表浅，手术分离的难度不大，可以完全切除。手术中注意保护好周围的血管、神经以及骨组织，风险还是可控的。
小部分位置比较深的或者比较大的上颌骨囊肿，如果压迫到面部的神经、血管等，手术中操作不慎就有可能导致血管、神经损伤，术后出现面瘫或者其他脑神经症状。建议患者尽量选择大型三甲医院进行手术，医生技术水平相对较高，危险性相对较小。