三个月宝宝拉肚子，首先要判断是生理性腹泻，还是病理性腹泻。
由于母乳喂养的孩子，很多孩子由于特殊的乳糖不耐受的类型会引起生理性腹泻。这部分孩子除了大便次数增多，大便现状偏稀之外，没有其他的任何临床表现，生长发育也基本正常。对于这部分生理性腹泻，大多数可以不需要特殊处理，必要的时候，可以酌情使用部分的乳糖酶。
而如果是病理性腹泻，也就是平素大便正常，突然这几天开始大便变稀，或者大便次数增多，需要进行大便化验。有细菌感染的，可以给予抗生素的治疗，没有细菌感染的。只要对症支持治疗就可以。口服蒙脱石散保护胃肠粘膜，益生菌调节肠道菌群，同时酌情考虑给予口服补液盐，以预防和纠正脱水。