脑膨出和脑脊膜膨出大多数是先天发育形成的，也就是在胚胎时期出现的异常。主要是在胚胎过程中，神经管的发育时出现的后方椎管没有闭合和颅骨没有发育完全所致。这可能与怀孕期间母亲接受到一些放射线和化学物质的影响有关系，另外也有可能在怀孕期间服用一些保胎药物或者避孕药物导致。此外如果饮酒、吸烟或者有子宫内的缺氧和病毒的感染都是有可能诱发脑膨出和脑脊膜膨出的。另外头部的外伤，如果损伤很重做了去骨瓣减压，也可以在去骨瓣的位置出现脑的膨出，这称为外伤性脑膨出。