药物治疗男性不育是比较常用的一种治疗方法，根据男性不育的原因和类型选用的药物有所不同。
对于弱精子症或者精子畸形率高、精子DNA碎片率升高的，可以口服左卡尼汀口服液、辅酶Q10、维生素E、胰激肽原酶肠溶片等药物治疗。对于少精子症，如果雄激素水平低，雌二醇水平高，可以口服来曲唑、十一酸睾酮治疗。如果促卵泡激素，促黄体生成素不高，可以口服他莫昔芬治疗。
对于存在生殖道感染，需要口服抗生素治疗，对于合并精索静脉曲张，可以口服迈之灵片治疗。另外，对于少弱精子症患者，可以口服补肾生精的中药调理。