药物流产留不干净，可以做以下处理方法：
1.如果药流几天后需要在到医院做个复查，看看药流是否干净，可在医生的建议下做个彩超检查。如果有提示提示孕囊或胎芽未排出，可服用药物再次做清除，若是只药物无明显疗效，就需要做人流手术，俗称清宫。
2.如药流后发现子宫内残留的脱膜组织或是血块大于2cm，并且超过半个月以上，就需要及时进行清宫手术。如脱膜组织或是血块小于1cm，也是需要做及时做清宫手术的，术后需要服用一些药物，要做好避孕措施，等正常月经来潮后3-7天再到医院进行复查。