黄连素片和复方黄连素片从功效上，基本上差别不大。黄连素主要成份每片含盐酸小檗碱0.1克 ，主要 用于肠道感染，如胃肠炎、腹泻。
复方黄连素主要成份除了盐酸小檗碱，还添加了木香、白芍、吴茱萸三味中药。 主要作用清热燥湿、行气止痛、止痢止泻，用于大肠湿热、里急后重或暴注下泻、肛门灼热。
从治疗的效果以及作用上来看二者的区别是不大的， 复方黄连素因为添加了 三味中药，清热燥湿、行气止痛的作用得到了加强。特别强调，黄连素和复方黄连素与含有鞣质的中药，或者是茶水进行合用的时候，会出现沉淀，从而降低疗。