咽部结核的治疗主要是以药物的治疗方式为主。对于单纯性出现咽喉部位结核的患者在治疗时，临床上通常会使用利福平或者是异烟肼等抗结核类的药物进行治疗。
同时，针对咽喉部位有较为剧烈的疼痛的情况的患者，也可以配合使用布洛芬或者是乙酰氨基酚等止痛功效的药物来缓解疼痛感，改善患者的吞咽功能，维持患者正常的进食。
有严重的发热症状时，也可以选择上述具有解热、镇痛功效的药物来进行退热处理。按照疗程使用上述药物治疗，疾病的预后通常比较好。