肺泡蛋白沉着症是少见疾病，该病与其他肺部疾病的临床表现有相似之处，因而应该与以下疾病进行鉴别包括肺炎、肺结核、肺水肿、特发性肺纤维化、肺泡细胞癌等。其中肺炎、肺结核患者影像学表现与本病相似，但病变分布以上肺为主，临床中有发热、盗汗等结核中毒症状，抗感染或抗结核治疗有效；肺水肿影像学表现为蝶翼状密度增高影，磁共振上并不表现为蛋白质和脂质类的高信号，加之心力衰竭病史可与之鉴别；特发性肺纤维化常以肺间质增生为主，主要分布肺野外围、胸膜下；肺泡细胞癌进展迅速，发病年龄大，常合并纵隔淋巴结肿大可以帮助鉴别。