新冠肺炎患者需要采集肛拭子时，嘱患者屈膝俯卧位，首先将棉签在生理盐水当中浸泡，当棉签完全被浸泡之后，就可以对准肛门的褶皱部位进行擦拭，然后逐渐向内部旋转，插入3~5cm处，在肛门内旋转后拔出，放入采样管中，采样完毕。
采集者要保证采样过程操作规范，妥善转运标本。肛拭子检测相当于为新冠肺炎的诊断提供了“双保险”的依据。
肛拭子采集不会比鼻拭更痛苦，肛拭子仅用于对隔离点等重点人群使用，并同时采集咽拭和肛拭。总之是为了提高检出率，降低假阴性的概率。一般是在清晨醒后或午睡后、便前、洗澡前进行采集。