颅底发生肿瘤的原因很多，很少是单一因素引起的，多数颅底肿瘤的发生是综合因素导致的。有些患者发生颅底肿瘤和外伤有关，脑外伤可以对脑组织造成刺激，可以诱发肿瘤的发生。
有些患者发生颅底肿瘤可能和病毒感染、放射线照射有关，有害的刺激会干扰脑细胞或者是促进脑细胞分裂的速度加快。这些因素会导致脑细胞发变异，诱发肿瘤的发生。
有些颅底肿瘤的发生和胚胎时期的残余组织有关，比如颅咽管瘤。
有些患者的肿瘤可以有恶性肿瘤转移而来。