临床上，肾结核的病情不一定要通过手术切除治疗。随着肾结核药物的应用越来越多，如果及早诊断肾结核，及早使用抗结核药物治疗，大多数的肾结核都是可以治愈的，所以并不需要通过手术切除来治疗。
当然，如果肾结核发现过晚，导致肾脏结构破坏严重，抗结核的药物很难达到肾脏病灶内部，可以考虑手术切除病变的肾脏。当然，一般是要保留一侧相对病情轻的肾脏，而且术前、术后都是要进行规范的抗结核药物治疗。
抗结核药物治疗的时间至少是半年，而且需要多种不同作用的抗结核药物联合使用。在使用抗结核药物的过程中，还要观察药物的不良反应，要监测肝功能。