做过剖腹产手术的人并不会增加患巧克力囊肿的风险，两者之间并没有直接的关系。
巧克力囊肿是因为子宫内膜异位到卵巢，内膜在卵巢内生长，随着月经周期的变化而逐渐增大，往往跟经血逆流有关，比如经期同房、经期剧烈运动，还有些因为生殖道梗阻导致经血排出不畅，而出现经血逆流，内膜种植到卵巢而形成卵巢巧克力囊肿。做过剖腹产手术的人，容易导致将子宫内膜带到腹璧切口，而形成腹壁切口的子宫内膜异位病灶，形成腹壁上的包块。
要预防卵巢巧克力囊肿，一定要注意经期卫生，经期不要同房、也不要剧烈运动，经期也不要游泳。