掏耳朵咳嗽是一种比较常见的生理现象，是由于神经传导导致的。人耳道的后壁分布有迷走神经的分支，迷走神经的分支，也分布在咽喉部的部位。
当掏耳朵的时候，外力刺激耳道的迷走神经，导致迷走神经产生兴奋冲动，冲动传导到大脑中枢，大脑中枢以为咽喉部有刺激，所以便将冲动传到咽喉部位，便会出现干咳、咳嗽等表现。这是一种比较常见的正常的生理现象，不用过于担心。
如果出现咳嗽，需要立即停止掏耳朵，以免咳嗽时掏耳朵工具，损伤到鼓膜会导致鼓膜穿孔。一般的人不要经常掏耳朵。