鉴别卵巢囊肿和盆腔炎，可以借助盆腔彩色超声以及妇科检查双合诊、三合诊和实验室检查，也包括一些血的检测来鉴别。
卵巢囊肿患者做盆腔的超声，可提示附件区可看到一囊性或实性的肿物；做妇科检查，可在附件区触到，活动度好的或者差的囊性肿物，有时会有压痛。如为良性，实验室检查通常没有任何的异常，如为恶性卵巢囊肿，实验室肿瘤标志物有可能会增高，比如CA125或者是AFP。
而盆腔炎患者在彩超上，可能会出现盆腔积液；妇科检查有可能会出现宫颈剧痛、宫颈的摇摆痛、宫体或者附件区的压痛。辅助检查在血常规可以看到白细胞明显上升，C反应蛋白也有不同程度升高。追问病史，患者会有劳累、受凉病史或又不洁性交史。