眼球运动障碍的治疗方式要结合患者的发病病因、病变位置、病症表现等情况综合分析，临床上其治疗方案大多以消除病因为主。
如果因明显细菌或者病毒等感染性炎症引起的眼球运动障碍，比如鼻窦炎、颜面部感染、中耳炎、腮腺炎等。首先给予抗生素类药物，控制炎症病情，有明显脓肿形成的症状要及时切开排脓，并结合眼部神经的营养支持，病症一般可得到有效控制。
如果患者因脑部肿瘤、颅脑外伤、出血性疾病等引起眼球运动障碍，一般以治疗颅脑的原发性疾病为主。