丙戊酸镁副作用一般常见为恶心、呕吐、腹泻、胃疼等消化道症状，这一般多发生在治疗开始时，一般不需停药，多数患者在一段时间适应药效之后就能有所缓解。还有少数患者会出现皮疹、肌无力、四肢震颤、意识模糊、血小板减少、白细胞减少、肝功能损伤或胰腺炎等症状。
如果发生上述反应立即停药并及时就医。需特别注意丙戊酸镁不良反应的发生率与血药浓度密切相关，所以建议患者一定在服药后进行血药浓度监测，可以有效的降低不良反应的发生。
此外还需注意肝、肾功能不全患者应当减量或慎用。在用药期间还需要避免饮酒防止镇定作用叠加。在停药时还需逐步减量以防止再次出现病情的反复发作。