肚脐眼疼痛可能是小肠痉挛、阑尾炎、肚脐发生炎症等原因所引起。
小肠的平滑肌发生收缩、挛缩时，会引起肚脐眼周围发生疼痛，也会导致肚脐眼的疼痛，疼痛主要呈阵发性。服用解痉药物、止痛药物之后，一般就可以缓解。
早期的阑尾炎也会引起肚脐炎发生疼痛，并且随着病情的进展可以逐渐转移到右下腹，出现按压痛、反跳痛。
肚脐局部发生炎症的时候，比如经常抠肚脐，会造成局部的皮肤受损、发炎，也可以导致肚脐眼疼痛，还会渗出液体。
除此之外，女性的盆腔炎、子宫附件炎等，也会导致肚脐眼发生疼痛。