房间隔缺损是会有后遗症，也就是并发症现象发生：
第一，引起脑栓塞，部分小型房间隔缺损，也就是缺损小于五个毫米以下的患者。研究证实，这种小型缺损会引起心房血栓的现象形成，当血栓随血液流动的情况下，有可能栓塞脑动脉，引起脑栓塞并发症发生，导致患者肢体偏瘫以及失语的现象发生，或者引起头痛的症状反复发生。
第二，引起心力衰竭，大型房间隔缺损或者多孔型房间隔缺损的情况，会引起右心的负荷过重，从而导致右心室肥大，最终引起心力衰竭现象发生，患者反复出现呼吸困难以及乏力等心力衰竭的症状。