大多数支原体感染者，仅表现为上呼吸道感染。在经过2到3周病情加重表现出发热、全身不适、头痛和咳嗽。
咳嗽是肺炎支原体感染的特点，在随后的一到两天咳嗽的频率和严重程度增加。肺炎支原体感染这种症状逐渐加重的特点，与流感和腺病毒呼吸道感染的急性发病有着明显的差别。5%到10%的患者可进一步发展成为气管支气管炎或者肺炎，这与患者的年龄有一定的关系。
在这个阶段原先咳嗽、咳痰、发热、头痛症状仍然存在咳嗽更加严重，但白色较少偶有痰中带血。患者可出现发热，体温通常在37度8到38度5并伴有畏寒。