眼睛长滤泡的治疗方式，要根据患者具体症状、感染病因等情况综合分析，主要有以下几种情况：
1.眼睛长滤泡一般是指结膜滤泡，主要是由结膜炎刺激生成。如果是细菌性感染的结膜炎，一般使用广谱抗生素类眼药水治疗，例如妥布霉素滴眼液、左氧氟沙星滴眼液等。如果分泌物较多，可以使用硼酸溶液冲洗结膜囊以后再用药，必要时可联合眼部针灸、雾化等方式缓解不适。
2.如果是沙眼引起的滤泡，建议点用利福平、红霉素等眼药水，并针对上睑下垂等并发症，给予手术矫治。
3.如果是过敏引起的滤泡，则可使用盐酸奥洛他定滴眼液，联合普拉洛芬滴眼液治疗。