临床上亚急性甲状腺炎具有自限性，很少引起后遗症。
亚急性甲状腺炎为上呼吸道病毒感染诱发的一种甲状腺亚急性炎症疾病，为自限性疾病。患者可表现为颈部疼痛，伴有耳后、头部放射性疼痛。严重者可出现发热，伴有一过性甲状腺毒症的临床表现，抗生素治疗无效，需要在医生的指导下给予规范的治疗。病程具有自限性，可以自愈，一般不会遗留后遗症。
对于部分亚急性甲状腺炎患者，如病情反复发作或治疗不规范引起病情反复发作。甲状腺滤泡上皮细胞损伤严重，少部分患者会引起永久性甲减。原发性甲状腺功能减退症，需要给予补充左甲状腺素片替代治疗，定期复查甲状腺功能即可。