附件囊肿的手术成功率是非常高的。在临床上，根据病人的年龄，根据具体的情况可以采取剥离手术，也就是单纯将囊肿给予剔除。另外，也可以选择将局部的卵巢组织一起切除，将切除的组织物一定送病理化验。
如果是在术中怀疑囊肿有恶性变的可能性，就建议做冰冻病理切片，根据结果再决定手术的方式，一旦出现恶性病变，可能手术范围就要扩大。
另外，在附件囊肿手术之后也建议定期复查，虽然成功率高，但是有一些囊肿往往有可能会出现复发的现象，比如卵巢巧克力囊肿。