导致脱肛的原因有很多，大致可以分为两种情况，一种为先天性的脱肛，另一种为后天因素造成的脱肛。
先天性的脱肛主要是宝宝有先天骶骨发育不良的现象，或是肌肉缺少不能完全支持肛管等，使固定直肠的作用变差，从而出现的脱肛现象。
后天的因素包括外伤、手术等，造成盆底肌肉的神经受到损伤，导致肌肉发生萎缩而引起的。还有年纪较大的患者，由于提肛肌无力，不能对直肠起到良好的固定作用或是存在腹压增高的现象，也容易导致脱肛。