导致扁桃体发炎的原因，主要是病毒或细菌的感染。
当患者接触了鼻病毒、腺病毒，以及疱疹病毒等各种病毒性致病菌后，就很有可能会诱发扁桃体发炎等上呼吸道感染性疾病出现。
但此类扁桃体发炎具有明显的自限性，而患者如果接触了肺炎球菌、乙型溶血性链球菌等细菌，且此时患者的身体抵抗力下降，导致细菌在扁桃体部位大量地繁殖，侵害扁桃体黏膜及黏膜下的组织，就会引发细菌性的扁桃体炎发病。此类疾病通常需要服用抗生素药物来治疗，才可以得到治愈。