乳糖不耐受的检查方法有：
一、氢气呼气试验。主要是让患者口服一定剂量的乳糖，然后在规定的时间内，根据检测的浓度及基线值进行判断是否存在乳糖不耐受。这种检查方法比较简单，而且敏感性也比较高。
二、乳糖耐量试验。也是通过口服乳糖的方法，在服用乳糖后及时进行抽血测试，服用后的一小时、两小时再次抽血测试。但这种检查方法假阳性率比较高。
三、小肠活检。小肠活检是检测乳糖酶是否缺乏的金标准，但属于一种有创检查，目前很少用。