抗乙肝病毒治疗，不仅要根据乙肝病毒的数量高低，还需要根据肝功能来共同决定是否需要抗乙肝病毒治疗。
如果乙肝患者肝功能转氨酶升高，高于正常上限的两倍，此时再通过检测乙肝病毒DNA载量，如果其数值大于10^5，同时又是大三阳，就需要进行抗乙肝病毒治疗。如果是小三阳，则乙肝病毒载量大于10^4，也需要抗乙肝病毒治疗。
抗乙肝病毒治疗的药物，是核苷类似物药物，常用的有恩替卡韦、替诺福韦等。这类药物只能够控制乙肝病毒数量，抑制其转录复制，但是并不能彻底杀灭乙肝病毒。所以，不可以擅自停药，以免发生病毒反跳。