单纯性肾囊肿是泌尿系统非常常见的肾脏结构的异常，是属于良性疾病。一般肾囊肿的预后比较好，很少会发展成为尿毒症，所以肾囊肿的危害并不很大。
肾囊肿一般并没有明显的症状，很少出现腰酸、腰痛，多是因为在做体检的过程中发现有肾囊肿。如果腹部出现挤压或者撞击，肾囊肿可以破裂引起出血，导致患者出现急性的腰痛。
如果肾囊肿是位于肾下极并紧贴输尿管时，也可以加重肾盂积水；而尿液对肾盂的压迫作用也可以引起患者背痛。如果出现肾积水严重，也容易导致患者出现尿频、尿急、尿痛等尿路感染的症状。在极少数情况下，良性的肾囊肿也可以癌变。