做乙状结肠镜有可能会损伤肠道。
人体的肠道并非是笔直的，肠道里面会有多个弯曲，例如直肠腔内会有直肠瓣、直肠和乙状结肠交界处有明显的弯曲，而且乙状结肠是处于游离状态。所以，也会有多个自然的弯曲。而乙状结肠镜属于硬镜，在进入检查的过程中就有可能会摩擦肠道的黏膜，造成肠道黏膜的损伤，有些还会伴有出血症状，但大多并不需要特殊的治疗，能够自行修复。
极少数的患者在检查的过程中，有可能会并发肠道穿孔而造成严重的后果。