莫匹罗星软膏是一种局部外用抗生素，长期使用本品会导致局部的皮肤细菌感染，对本药物的耐药性增加。
这个药物的辅料为聚乙二醇，过量地吸收聚乙二醇会引起肾脏的损害，若皮肤有大面积的破损，长期、大量应用会造成肾功能损伤，特别是有中度和重度的肾功能障碍的患者，是需要慎用本品的。
莫匹罗星软膏是治疗皮肤上细菌感染的药物，对脓疱疮、毛囊炎、疖肿，或者皮肤溃疡合并感染以及湿疹合并感染的皮肤问题，均可使用这个药物治疗。但是要注意不能长期应用，如使用一段疗程不见好转，一定要及时就医检查。